Kurz má za hlavní cíl představit aktuální poznatky v oblasti biogeografie protistních organismů a poskytnout odpovědi na tradiční otázky biogeografie "Které druhy? A kde?" v kombinaci s dalšími otázky typu "Proč tam jsou?" a "Proč tam nejsou?". Obecné otázky biogeografie, včetně tématu ostrovní biogeografie, budou vysvětlovány s využitím množství příkladových studií věnujících se jednotlivým tématům této problematiky. Jako neoddělitelná součást biogeografie bude stručně zmíněna problematika biologických invazí protistních druhů a možnosti využití protistních organismů při praktické ochraně přírody a biodiverzity.