Cílem výuky je vybavit studenty teoretickými znalostmi a praktickými dovednostmi nezbytnými k účinné regulaci prokaryotických organismů, které narušují zdravotní stav rostlin a živočichů, ale i k efektivnímu využívání prokaryot v biologické ochraně rostlin. Výuka předmětu bakteriologie je členěna na část obecnou a část speciální, přičemž důraz je kladen na část obecnou.