Cílem předmětu Speciální botanika je seznámit studentky a studenty s aktuálním přístupem botaniky jako vědecké disciplíny k celému spektru organismů schopných fotosyntézy rostlinného typu. Dílčími cíli jsou poskytnout studujícím informace o (1) rostlinných buňkách, stélkách, tkáních a orgánech; (2) fylogenezi a systému rostlin v nejširším slova smyslu; (3) významu vybraných taxonů ve fylogenezi rostlin, ekosystému a pro využití člověkem; (4) významných druzích či skupinách druhů pro flóru České republiky.